El Departamento de Bioquímica inicia conjuntamente con la fundación de la Facultad de Medicina. El Dr. Jesús María Jiménez Porras fue el primer director del Departamento, el cual estaba, además, integrado por el Dr. Luis Francisco Rojas Solano, el Dr. Carlos de Céspedes Montealegre y el Dr. Enrique Esquivel Herrera. Desde sus inicios, el Departamento ha participado en los cursos propios de la carrera de Medicina, así como en la colaboración con los cursos de servicio. También ha desarrollado una importante cantidad de investigación científica que en el principio se enfocaba en el manejo de serpientes para la preparación de sueros antiofídicos. 

El papel del Departamento de Bioquímica en la investigación inició con la donación de las serpientes que se mantenían en el Hospital San Juan de Dios, como una propuesta de la Junta de Protección Social. Esta institución reconoció la necesidad y seriedad de la labor de preparación de sueros antiofídicos en Costa Rica, trabajo de grandes alcances que había sido iniciado por el Dr. Clorito Picado en dicho hospital. A partir de este hecho el Departamento desarrolló numerosas investigaciones en las acciones fisiológicas de los venenos de serpiente, trabajo que hoy en día se lleva a cabo en las instalaciones del Instituto Clodomiro Picado.

Actualmente, el Departamento desarrolla un gran número de proyectos, en colaboración con el CITA, la Escuela de Tecnología de Alimentos, el INISA, la Escuela de Química, el CIET, el ICP, el Laboratorio de Ensayos Biológicos (LEBI), el INIFAR , la Escuela de Nutrición y diversas instituciones internacionales. 

A lo largo de estos años, se ha definido una línea de investigación dirigida al análisis de actividades biológicas de productos naturales y agentes farmacológicos y su efecto sobre marcadores bioquímicos asociados a la prevención y manejo de enfermedades crónicas, así como investigación en factores de riesgo de obesidad tanto a nivel molecular como de salud.