Este Departamento Clínico de Pediatría, inició como la Cátedra de Pediatría de la Universidad de Costa Rica, en mayo de 1964 con la inauguración del Hospital Nacional de Niños – Carlos Sáenz Herrera. El Dr. Sáenz Herrera fue el primer Director de la Cátedra, le sustituyó el Dr. Rodrigo Loría Cortés, puesto que mantuvo hasta antes de su muerte en junio de 1988. Los Pediatras que integraban la cátedra: Dr. Jorge Arguedas Soto, Dr. Edgar Cordero Carvajal, Dr. Roberto Ortiz Brenes y Dr. Manuel Calvo Badía. Posteriormente se integraron: Dr. Elías Jiménez Fonseca, Dr. Edgar Mohs Villalba, Dr. Daniel Pizarro Torres, Dr. Orlando Sesín Mauhad y Dr. Guillermo Robles Arias.

El segundo director de Cátedra fue el Dr. Orlando Sesín Mauhad, seguido por estos directores: Dr. Gilbert Madrigal Campos, Dr. Abdón Castro Bermúdez, Dr. Osvaldo Alvarado Jiménez, Dra. Olga Arguedas Arguedas, Dr. Erick Richmond Padilla, Dr José I. Castro Sancho y actualmente ocupa el cargo, el Dr. Jaime Cortés Ojeda.

La primera Secretaria de la cátedra lo fue la Sra. Carmen Rodríguez, seguida por la Sra. Sandra Chanto y actualmente contamos con las Sras. Anabelle Solano y Nuria Avalos.

La oficina de la cátedra estaba situada en el primer piso del antiguo Asilo Chapuí. 

El hospital recibió al primer grupo de internos de la Universidad de Costa Rica en enero de 1965, quienes “estrenaron el hospital”.